Vid en ålder av 18 köpte sig Shia LaBeouf sitt hus. Shia LaBeouf säger själv att han har en personlig relation med Gud som relaterar till den judiska tron, och beskriver sig själv som jude.
Shia LaBeouf har tre stycken tatueringar. Den första är ”1987-2004” tatuerat på insidan av Shia LaBeouf högra handled. Den andra är ett tassavtryck från en hund, tatuerat på hans vänstra axel. Den sista är ett par fängslade händer tatuerat på Shia LaBeouf vänstra sida. Tatueringen på sin handled beskriver Shia LaBeouf att han skaffade för att inte glömma sin barndom.
Under åren 2004 till 2007 hade Shia LaBeouf ett förhållande med China Brezner, som han träffade när han arbetade i studion till The Greatest Game Ever Played. Deras relation tog slut då han blev för uppslukad av sitt arbete för att ha någon tid över för ett förhållande. Shia LaBeouf beskriver tiden efter att de gjort slut som att försöka bygga upp något efter en tornado. Efter att ha varit singel i drygt två år började han dejta en engelsk skådespelerska, och motpartner från filmen Wall Street: Money Never Sleeps. Deras förhållande sträckte sig från augusti 2009 till oktober 2010. De presenterades för varandra av regissören till filmen, Oliver Stone, innan de skulle börja arbeta tillsammans och blev tillsammans kort efter. Shia LaBeouf kommentar till förhållandet var ”jag älskar henne fortfarande. Jag tycker hon är en fruktansvärt cool person och en grym skådespelerska. Vi är fortfarnde polare. Jag ångrar ingenting och det tror jag inte hon gör heller, men det ran ut i sanden”.
Shia LaBeouf har haft några dispyter med lagen i Amerika. I mars 2008 utfärdades en arresteringsorder på honom då han inte dök upp för rättegång. Rättegången karaktär var att Shia LaBeouf hade rökt på förbjuden plats i Burband, Californien. Det slutade med att en böter på 500 dollar fick betalas, och fallet lades ner i april samma år.
Olyckan som Shia LaBeouf var med i utspelade sig på La Brea Avenue i Los Angeles. LaBeouf blev påkörd i sidan av sin ford f-150, en cabrolett. Detta resulterade i att Shias vänstra hand krossades, då han hade hållt i vindrutans överkant och därför exponerat den. Trots att olyckan inte var Shia LaBeoufs fel kunde polisen lukta alkohol i Shias andedräkt. Då han motsa sig ett blåstest, anhölls han för rattfylla och vårdslös körning. Till följd av detta drogs Shia LaBeoufs körkort in under ett års tid.
Shias uttalande kring olyckan var att den var att den var fruktansvärd men den fick honom att se på världen anorlunda. Han fick genomgå flertalet operationer på sin vänstra hand som krossade i olyckan. Metallplattor och skruvar var tvungna att opereras in för att göra handen brukbar igen, och att ben från hans höft fick omplaceras för att skapa ett av benen i han finger.
Shia LaBeouf har varit med i två stycken bar, och därför även alkoholrelaterade incidenter till, en i början och en i slutet av året 2011. Båda gångerna var Shia LaBeouf inblandad i fylleslagsmål och blev båda gångerna omhändertagen av polis.